تم العثور على الخفافيش في أجزاء مختلفة من العالم ويمكن أن تعيش في مجموعة متنوعة من الموائل ، اعتمادًا على الأنواع. تعيش بعض الخفافيش في الغابات ، بينما يعيش البعض الآخر في الصحاري أو الأراضي العشبية. تعيش بعض الخفافيش في الكهوف ، بينما يعيش البعض الآخر في الأشجار أو المباني.
يوجد أكثر من 1400 نوع من الخفافيش ، ويتفاوت توزيعها وتفضيلات موطنها على نطاق واسع. على سبيل المثال ، توجد خفافيش الفاكهة في المناطق الاستوائية وشبه الاستوائية من العالم ، بينما توجد الخفافيش مصاصة الدماء في أمريكا الوسطى والجنوبية. بشكل عام ، تتواجد الخفافيش بكثرة في المناطق الدافئة والرطبة مع وجود الكثير من الحشرات للأكل.